No ano de 1912, por iniciativa da benemérita família Pires, ficou resolvido que a partir do dia 03 de janeiro daquele ano, iniciasse a construção de um edifício para o hospital da Santa Casa de Misericórdia na cidade.
A construção foi erguida no local da Santa Cruz dos Enforcados, ocupando uma área onde antes ficava um campo de futebol.
Em 22 de fevereiro de 1914 fundou-se em Atibaia uma Irmandade com o fim de manter a Santa Casa, cujo prédio encontrava-se em construção.
Em fevereiro de 1915, foram concluídas as obras e em 01 de março do mesmo ano a Instituição foi inaugurada. Na cerimônia de inauguração todas as instalações foram bentas pelo então pároco da cidade Padre Francisco Rodrigues dos Santos.
Entre os membros da Direção na época, estava Dr. Miguel Vairo, um importante médico da cidade que já cuidava dos enfermos carentes gratuitamente por volta de 1904 e estendeu seu trabalho durante anos na Santa Casa de Atibaia – SCA.
No ano de 1999, a Santa Casa de Atibaia, único hospital público do município, enfrentou inúmeras dificuldades financeiras ameaçando a encerrar suas atividades. E a partir daí houve a intervenção do hospital, ficando a gestão sob a responsabilidade da Prefeitura da Estância de Atibaia.